Carlos Francisco Sergio Mugica Echagüe nació en el barrio porteño de Villa Luro, el 7 de octubre de 1930, en el seno de una familia de la aristocracia argentina. Luego de terminar sus estudios secundarios en el Colegio Nacional de Buenos Aires comenzó la carrera de derecho, que abandonaría para ingresar en 1951 al Seminario Metropolitano de Buenos Aires. Ocho años más tarde, el 20 de diciembre de 1959, fue ordenado sacerdote en la Catedral de la ciudad de Buenos Aires.

Mugica se desempeñó como asesor espiritual de la Juventud Estudiantil Católica del Colegio Nacional de Buenos Aires y de la Juventud Universitaria Católica de la Facultad de Medicina. En 1967, Se integró al Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo, una corriente renovadora dentro de la iglesia católico con un profundo compromiso con la realidad social y política de América Latina.

La mayor parte de su trabajo comunitario lo realizó en la Villa 31, en el barrio porteño de Retiro, donde había sido nombrado párroco de la Capilla del Cristo Obrero. En los primeros años 70 Mugica junto a sus compañeros y colaboradores inició lo que se conocería luego como movimiento de curas villeros.

La noche del 11 de mayo de 1974, Carlos Mugica fue emboscado en el barrio porteño de Villa Luro, luego de dar misa en la iglesia de San Francisco Solano. Cuando se disponía a subir a su auto Renault 4, recibió 14 impactos de bala mientras que su amigo Ricardo Capelli, quien lo acompañaba, fue herido de cuatro balazos.

Los llevaron al Hospital Salaberry, en Mataderos; Mugica fue operado pero murió esa misma noche mientras que Capelli salvó su vida gracias al traslado gestionado por un médico amigo al Hospital Rawson. Años más tarde, Capelli reconocería a Rodolfo Almirón, jefe de la custodia de José López Rega,  entonces Ministro de Bienestar Social, como integrante de la patota que los baleó.

Capelli tenía visto a Almirón de la época en la que Mugica visitaba Bienestar Social. A fines de 2006, en el marco de la investigación por los crímenes de la Triple A, el juez federal Norberto Oyarbide pidió a España la extradición de Almirón y declaró como de lesa humanidad, por tanto imprescriptibles, los delitos de las tres A.

Almirón murió detenido en 2009, meses después de haber sido extraditado y encarcelado. El 12 de julio de 2012, Oyarbide emitió una declaración en la que hizo público que «Rodolfo Eduardo Almirón fue el autor inmediato del homicidio de Carlos Francisco Sergio Mugica, en el marco del accionar delictivo de la Triple A».

Los restos de Mugica descansan en la parroquia Cristo Obrero que él fundara en la villa de Retiro, en la ciudad de Buenos Aires.

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